内贸单证体系不完善
目前，内贸集装箱运输体系存在着严重的单证体系不完善的问题，主要表现为：不同的港口有着不同的单证，银川到上海集装箱运输，不同的船公司其单证也不一致。内贸集装箱运输价格体系不健全：交通部在内贸集装箱发展初期制定了内贸港口有关收费的规则，明确规定了港口对于内贸集装箱的收费标准。但是，这一标准严重低于外贸，甘肃到上海集装箱运输，基本上是外贸集装箱相关收费的一半。但随着内贸集装箱运输的发展这样的价格机制已成为了内贸集装箱发展的制约因素。同时由于内贸集装箱运价没有一个有效的监督机制，船公司之间在同一航线上的价格恶性竞争，也影响了内贸集装箱运输市场的健康发展。
集装箱的几种交接方式
出口重箱交箱（收箱）、进场的交接：出口货箱进入港区，货方、内陆承运人凭《集装箱出口装箱单》或《场站收据》、《进场集装箱设备交接单》到指定的港区交付重箱，西宁到上海集装箱运输，并办理进场集装箱设备交接。指定的港区依据《出口集装箱预配清单》、《进场集装箱设备交接单》、《场站收据》收取重箱，上海集装箱运输，并办理进场集装箱设备交接。
空箱的发放和交接：空箱提离港区、堆场、中转站时，提箱人（货方或其代理、内陆承运人）应向集装箱代理人提出书面申请。集装箱代理人依据《出口订舱单》、《场站收据》或《出口集装箱预配清单》向提箱人签发《出场集装箱设备交接单》或《进场集装箱设备交接单》。提箱人凭《出场集装箱交接单》到指定地点提取空箱，办理出场集装箱设备交接，凭《进场集装箱设备交接单》到指定地点交付集装箱，并办理进场集装箱设备交接。
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