所有荧光发射滤镜的主要作用就是阻止激发光的透过。相比较于荧光显微镜而言，对于共聚焦系统，这种阻塞并不包含很宽的光谱范围。然而，由于激光束的高功率输出，需要对激光发射的特定波长专门设计更大的阻塞(或许高于OD 8)。
对共聚焦系统发射滤镜的实际设计还是存在一些争议。由于大多数探测.器采用光电倍增管(PMT)，紫外滤光片，图像一次采集只形成一个像素(图像元素)，紫外滤光片材质，这些滤镜光件就不需要打磨和抛光。但由于共聚焦成像对分辨率的要求越来越高，就像其他发射滤波片一样经过打磨和抛光并不是在浪费精力。近期一些证据表明，紫外滤光片测试，发射滤波片具有较大楔形时(光束变差)可能会造成形态学测量的不准确，这种不准确在长发射光路中可能会更严重。
FBG技术的应用
光纤布拉格光栅(FBG)利用光纤纤心折射率的周期性变化满足特定的干涉条件时，相应的波长产生全反射，而其余波长会则顺利通过。这个滤波结果相当于一个负滤光片(Notch filter)。而目前采用紫外光源写入，诱导纤心产生折射率产生周期性变化的办法可以使反射光的反射率达到接近百分.之百，并且有着很好的通道隔离能力。
要想使滤波技术能够应用于通信系统，必须要使这一技术应用于多通道中，而FBG应用于多通道时就产生了一定的困难，紫外滤光片波长，如果简单的使用光纤布拉格光栅结构的级联形成合波、分波就需要大量的FBG级联在一起(如实现N个通道的分波就需要N*(N-1)个FBG)。即使使用类似于TFF器件优化结构的方案可以使FBG的用量减少将近一半，其用量也是相当可观的。随着紫外写入技术的成熟和高度自动化使得写入成本降低和合格率得到大为提升的情况下这一技术的应用前景也是很乐观的。而另外一种配合环形器的组装模式可以大大减少FBG的用量，N个通道的模组只需要N个FBG和(N-1)个环形器，环形器的引入使FBG的用量大大减少，但是需要引入费用比较高的环形器来配合使用。
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